1. Ban Giám đốc
2. Hội đồng Khoa học và Đào tạo

CÁC TỔ CHỨC CHÍNH TRỊ XÃ HỘI VÀ ĐOÀN THỂ

1. Đảng bộ
2. Công đoàn
3. Đoàn Thanh niên CS HCM
4. Hội Cựu Chiến binh
5. Hội Cựu Giáo chức

CÁC PHÒNG, BAN, BỘ PHẬN CHỨC NĂNG

1. Văn Phòng Học viện
2. Phòng Tổ chức Cán bộ
3. Phòng Thanh tra và Pháp chế
4. Phòng Kế hoạch - Tài chính
5. Phòng Đào tạo
6. ​Phòng Đào tạo Sau đại học
7. Phòng Quản lý Khoa học
8. Phòng Hợp tác quốc tế 
9. Phòng Quản trị - Thiết bị
10. Phòng Đảm bảo chất lượng giáo dục
11. Phòng Công tác học sinh, sinh viên

CÁC KHOA TRỰC THUỘC

1. Khoa Cơ bản
2. Khoa Quản lý
3. Khoa Giáo dục
4. Khoa Công nghệ thông tin
5. Khoa Ngoại ngữ​

CÁC TRUNG TÂM

1. Trung tâm Công nghệ Thông tin - Thư viện
2. Trung tâm Bồi dưỡng Nhà giáo và CBQL

VIỆN NGHIÊN CỨU- TẠP CHÍ

1. Viện Nghiên cứu Khoa học Quản lý giáo dục
2. Tạp chí Quản lý giáo dục